Forbundsbestyrelsen vælges af medlemmer på repræsentantskabsmødet. I lige år vælges en formand og to medlemmer. I ulige år vælges næstformand, kasserer og et medlem. Alle vælges for en to-årig periode. Der vælges også en suppleant for en et-årig periode. Derudover har bestyrelsen har mulighed for at vælge en ekstra næstformand,
Bestyrelsen holder møde mindst fire gange pr. år, og den har til opgave at lede forbundet ved at tage beslutninger om budget, ansættelser og strategi. Læs KFUMs Idrætsforbunds vedtægter her.